《英雄时代》这部电视剧主要是以莽原同名小说中的人物名为原型，以中华三祖炎帝、黄帝、蚩尤等人为主线，讲述炎黄子孙华夏民族由来的故事。
公元前三千年前，神农部落是天下共主，随着年代的变迁，一个新的部落有熊正在崛起，然而，神农的大祭司勐康暗中将熊部落的出现由大吉之兆改为大凶。于是，有熊部落一族开始了坎坷命运。
炎帝的女儿精卫在火祭场上被有熊部落的姬轩辕所救，突枭部落的千阳女在王集偶遇了九黎部落的蚩尤。在一场各个部落围绕盐田的争夺中，轩辕与蚩尤这两个性格迥异的年轻人在不断的挫折中成长为各自部落的首领，壮大自身力量的同时也积累起对于突枭部落乃至神农部落的仇恨。
十年后，轩辕与蚩尤结盟发誓要讨还当年失去的一切。他们利用兴起的青铜优势，剿灭了突枭，并形成了以青铜为交换中心的市集。轩辕主张的合族和市场的公平交易挑战了炎帝的祖制，被炎帝再次驱逐出中原。轩辕带着有熊和西陵的族人踏上了寻找伏羲乐土的艰难旅程。而蚩尤却日渐崛起，成为中土最强大的一只力量。
又一个十年过去，伏羲乐土已经被轩辕建设成了新的人间乐园。而随着力量的扩张，日渐强大的蚩尤则变得尚武好战，他凭借强大的武力抢夺了铜山和盐田，并希望轩辕跟他共分天下。轩辕因为主张的公平共生而与蚩尤盲目崇尚的武力发生了巨大的分歧，为了天下的安定和族人的幸福，轩辕艰难的选择了帮助炎帝赢得胜利。战败的蚩尤没有接受轩辕同意他带着族人离开的情义，而选择了站立着骄傲的死去。
大战之后，轩辕因为其主张的融合共生获得了中土大多数部落的认同而成为了一只强大的新生力量。炎帝一方则因为坚持旧制而日渐衰败。炎帝眼见自己所坚持的祖制无法维持，决心为了自身的信念不顾实力悬殊与轩辕拼死一战。
大战在即。两军阵前，精卫在自己心爱的男人和父亲之间无从选择，只能最后一次痛苦的拥抱了轩辕，随即变成一只巨大的凤凰鸟，用生命之火在两军之间幻化出一条无法逾越的鸿沟，自己则消失在了茫茫天地间……
精卫的死使炎帝终于明白自己无力阻挡一个全新时代的到来。阪泉之战以炎帝将共主之位禅让给了轩辕而和平结束，轩辕成为了新一代的黄帝。炎帝榆罔和黄帝轩辕携手走向祭台，向天下苍生宣布：从此之后天下所有的部落合而为一名叫中华。此时龙图腾也作为所有部落共同的图腾升起在了苍茫大地上。
中土大地迎来了一个全新的文明时代，中华文明自此起始，绵延至今……