崇祯年间，曾毅在惠民药局担任医员，为了找到能够救母亲病的药，他不顾家人的反对，毅然决然地与刘美心来到京城。来到京城后，他凭借精湛的医术治好了王爷爱妾的“怪病”，并以此成功从王爷那里拿到了为母亲治病的良药。同时，他意外地得知太医院内有关于自己身份的东西，于是他考入了太医院，打算查清楚真相。
在太医院，除了查询身世之谜外，他还努力钻研医术，掌握了治愈很多疑难杂症的技术，并获得了友谊与爱情。后来，曾毅的身份之谜解开，刘美心因这件事而变得落魄，但曾毅对其不离不弃，想要帮助她重新踏上巅峰，二人成为了为人民服务的药师。面对传入中国的西医技术，曾毅以开明的态度虚心学习。面对战火纷争的跌宕境遇中，曾毅施尽平生所学将中医理念传遍各界，与刘美心的爱情也得到了淬炼与升华。